実験医学連載第6回 概要とモデル

【概要】第5回までは、タンパク質の量を表すのに濃度を用いていましたが、細胞シミュレーションではこれが不適切な場合があります。細胞へのストレス印加によってストレス顆粒が細胞質に分散して形成されますが、その数は数十個程度です。これはまさしく濃度で扱うことが不適切な場合に当たるので、粒子シミュレーションを行いました。その結果、ストレス顆粒の形成には微小管上の一次元拡散が重要であり、そうであるならばストレス顆粒のサイズ分布がガンマ分布になることを予言し、ウェット実験で検証した事例を紹介しています。現在販売中のA-Cellは粒子シミュレーションには対応していませんが、実験医学の図2Cでお示ししたモデルをA-Cellではどのように表現できるかを参考にしていただく目的で、下記モデルをダウンロードしていただけます。

「実験医学」連載第6回 掲載モデル

【モデルのダウンロード】モデル(無償)とA-Cell入門(機能と使い方の概略:無償)のダウンロード、A-Cellのご購入は、下記から行えます。

170703162646A-Cellの購入

本モデルのシミュレーションの実行には、A-Cell Free Edition(無償)、A-Cell Entry Edition、A-Cell Basic EditionあるいはStandard Editionのご購入が必要です。各Editionの機能と価格はこちら、あるいは詳しくはこちらでご覧下さい。(A-Cell Free Editionのダウンロードはこちら

【粒子シミュレーションについて】粒子シミュレーションのプログラムは、現在のところA-Cellとはリンクしていませんが、Windowsで実行できる独立プログラムをご提供することができます。これはテキストファイルとして反応定義ファイルを準備し、プログラムはこれを読み込んでシミュレーションを開始します。結果は時系列のテキストとして分子毎の座標がファイル出力されます。反応定義ファイルの例題をご提供しますので、目的に応じて必要な箇所を変更すれば、様々な粒子シミュレーションを行うことができます。粒子シミュレーションプログラムをご希望の方は、下記からご連絡いただくようお願い致します。

contact@tc-simulations.com